SUPERSWITCH™第三代测序转录组文库构建试剂盒提供了一种基于PCR方式从纳克级总RNA合成高质量cDNA的方法。SUPERSWITCH™第三代测序转录组文库构建试剂盒cDNA合成技术是基于RNA转录5’末端跳转机制 (Switching Mechanism at 5′ End of RNA Template,SMART) 技术。SMART技术非常适合起始样品量有限的材料,能够以2 ng总RNA(或极低浓度样本)合成的高质量cDNA,用于杂交探针、”Virtual Northern” blots、cDNA测序及其他应用。
本试剂盒的5’和3’采用不同的接头引物,在原始数据上就能直接判读resds的来源是mRNA还是cDNA。
本试剂盒采用SUPERSWITCH®
技术,生成高质量的双链cDNA。满足nanopore的上机要求。
本试剂盒的建库产物,280/260值大于1.9.230/260值大于1.8,nanodrop/Qbuti比值小于2.满足nanopore转录组苛刻的上机要求质量。是数据稳定产出的基本保障。
本试剂盒的模板为样本的总RNA,最大限度的反应了样本的转录组的均一性。
本试剂盒最终的产物,都为15个循环的扩增产物。为今后的nanopore的reads定量打下了坚实的基础。
试剂盒组分:
目的 |
试剂 |
PacBio |
Nanopore |
||||
SP0021 |
SN0021 |
||||||
M/10次 |
L/20次 |
M/10次 |
L/20次 |
||||
反 转 录 |
1 | ●SUPERSWITCH™ 3RRT Oligonucleotide |
12μL |
24 μL |
6μL |
12μL |
|
2 | ●dNTP Mix (10 mM) |
40 μL |
80 μL |
20 μL |
40 μL |
||
3 | ●Deionized H2O |
100 μL |
100 μL |
100 μL |
100 μL |
||
4 | ●5X First-Strand Buffer (RNase-Free) |
60 μL |
120 μL |
30 μL |
60 μL |
||
5 | ●SUPERSWITCH™ SolutionⅠ |
10 μL |
20 μL |
5 μL |
10 μL |
||
6 | ●SUPERSWITCH™ SolutionⅡ |
10 μL |
20 μL |
5 μL |
10 μL |
||
7 | ●RNase Inhibitor (40 U/μL) |
12 μL |
25 μL |
6 μL |
12 μL |
||
8 | ●SUPERSWITCH™ Reverse Transcriptase (200 U/μL) |
12 μL |
25 μL |
6 μL |
12 μL |
||
9 | ●SUPERSWITCH™ 5RRT Oligonucleotide |
12 μL |
24 μL |
6 μL |
12 μL |
||
PCR | 10 | ●5AP PCR Primer (12 μM) |
100 μL |
200 μL |
100 μL |
200 μL |
|
11 | ●3AP PCR Primer (12 μM) |
100 μL |
200 μL |
100 μL |
200 μL |
||
12 | ●Marathon DNA Polymerase(1U/μL) |
24μL |
48μL |
24 μL |
48 μL |
||
13 | ●2×PCR Buffer |
765μL |
1530 μL |
765μL |
1530 μL |
||
14 | ●2.5 mM dNTP |
160μL |
320 μL |
200 μL |
400 μL |
目的 |
试剂 |
PacBio |
Nanopore |
|||
M/30次 |
L/60次 |
M/30次 |
L/60次 |
|||
PCR 产物 纯化 |
1 | ○Buffer P5 |
7.5 mL |
15 mL |
15 mL |
30 mL |
2 | ○Wash Buffer |
3.25 mL |
6.5 mL |
6.5 mL |
13 mL |