Tiosbio® 2×SYBR Green I qPCR Mix(with ROX)是基于SYBR Green I嵌合荧光法进行Real-Time PCR的专用试剂,该预混液包括化学修饰的热启动DNA聚合酶、反应Buffer、dNTPs、SYBR Green I、ROX染料等试剂,试验时仅需加入引物、模板、水。预混液中添加的化学法修饰的Hot Start DNA聚合酶在50℃以下无活性,95℃加热10~15min后方可完全恢复酶活,从而有效地抑制非特异性PCR扩增,极大提高了PCR扩增的特异性。预混液的反应缓冲液经反复优化,可最大程度确保qPCR的扩增效率、检测灵敏性和信号强度;添加的ROX荧光染料矫正反应孔间的信号,适用于Low ROX矫正的Real-Time PCR仪,如ABI PRISM7000/ 7700/7900HT,7300/7500/7500 Fast Real-Time PCR,Stratagene的 Mx 3000P等仪器。
TR0201-1为1mL,用量为100次(20μL/次);TR0201-1为5mL,用量为500次(20μL/次)。
-20℃避光保存有效期为12个月;-70℃避光保存有效期为36个月;长期-20℃保存融化后可能会出现沉淀,只需室温融化后混合均匀即可。
1.无CT值(信号)出现
①检查热启动时间是否为15min;②引物降解,使用新合成的扩增引物;③模板量不足,加大初始模板添加量。
2.CT值出现过晚
①扩增效率低,优化反应条件,重新设计扩增引物;经过温度梯度确定适宜的退火温度,PCR反应程序更改为下表中的三步法;PCR产物最佳扩增区间为100~400bp。
循环 | 温度 | 时间 |
1st Cycle | 95℃ | 15min* |
35~40 Cycles | 95℃ | 15~30sec |
适宜退火温度 | 15~30sec | |
72℃ | 20sec | |
Melting curve analysis | ||
Hold | 4℃ | Forever |
3.标准曲线的线性关系不佳
①存在加样误差;②标准品降解,重新制备并稀释标准品;③不适宜的引物浓度,在50~500 nM之间优化引物的终浓度。
问题4:融解曲线不止一个主峰
解决方法:
(1) 将延伸温度从60℃提高至65℃;
(2)引物浓度不佳,适当降低引物的浓度,并注意上下游引物的浓度配比;
(3)模板有基因组的污染,RNA提取过程中应避免基因组DNA的引入,或通过引物设计避免非特异扩增;
(4)重新设计新的引物。
问题5:出现引物二聚体
解决方法:
(1)尽管使用最为严谨的化学修饰法热启动DNA聚合酶,由于引物设计不佳或模板结构复杂,有时引物二聚体不可避免。此时可将循环数降低到30~35。除此外,可使用去离子甲酰胺溶解引物(20μM)以减少引物自身的二级结构,并降低引物工作浓度;
(2)如引物二聚体Ct至低于样品7个以上,引物二聚体对结果的可靠性干扰将低于1%,通常不影响实验结果。